なお、事業譲渡は個別資産の譲渡取引であり、組織法上の行為ではないことから組織再編税制の範囲外とされていますが、事業譲渡により生じた資産調整勘定（差額のれん）については、非適格合併等が行われた場合と同様の取り扱いが設けられています。

また、デューデリジェンスは被買収企業のマネジメントあるいは実務担当者に対するインタビューの回答結果ならびに被買収企業から提供される各種資料に基づいて実施されることから、これら被買収企業から提供される情報が真実かつ正確である旨（これを表明保証条項といいます。）を買収時の契約書に記載するのが一般的です。

なお、会社分割や事業譲渡による事業分離スキーム（カーブアウト）においては、被買収企業における潜在的なリスクは買収企業側に承継されず被買収企業に残ることから、リスクの検証に関する手続き（税務に関するデューデリジェンスや表明保証）の必要性は高くない場合もありますが、被買収企業の租税債務について連帯納付責任や第二次納税義務の規定が設けられている点には留意が必要です。

税務上、資産調整勘定は5年間で均等償却（年割償却）により損金算入されますが、会計上ののれんは、その効果の及ぶ期間にわたって規則的に償却（月割償却）されます。よって、企業買収等により事業年度の途中で資産調整勘定が計上された場合には、会計上の償却額と税務上の損金算入額に差額が生じるため申告調整が必要となります（平成29年度税制改正により、税務上の損金算入限度額の計算が月割償却に変更されました。すなわち、平成29年4月1日以後に行われた非適格合併等*により計上された資産調整勘定については、会計上の償却期間が5年の場合、会計上の償却額と税務上の損金算入額は原則として一致することになります）。

* 非適格合併等とは、非適格合併のほか、非適格分割、非適格現物出資および事業の譲受けで、分割法人等の分割の直前において営む事業およびその事業に係る主要な資産または負債のおおむね全部が分割承継法人等に移転するものをいいます。

合併や会社分割などの組織法上の行為による資産等の移転は包括承継とされていることから、課税対象外取引となります。なお、事業譲渡による資産等の移転は個別資産の譲渡であるため、非課税資産の譲渡（土地等の譲渡）とされるものを除いて、原則として課税取引となります。

新会社の設立や増資が行われた場合、商業登記をするにあたり、増加資本金の0.7%に相当する登録免許税が課されます。ただし、合併が行われた場合の合併法人の増加資本金のうち、被合併法人の合併直前の資本金に相当する部分の金額については軽減税率（0.15%）の適用があります。

（２） 不動産登記

企業買収において移転する資産に不動産がある場合、所有権移転登記をするにあたり、移転する不動産の価額（固定資産税評価額）の2.0%*に相当する登録免許税が課されます。ただし、所有権の移転が合併によるものであるときは軽減税率（0.4%）の適用があります。

事業譲渡等により不動産の所有権が移転した場合は、移転する不動産の価額（固定資産税評価額）の4.0%*に相当する不動産取得税が課されます。なお、合併および一定の会社分割が行われた場合による所有権の移転は、その移転が形式的なものであることから不動産取得税は非課税とされています。

* 例えば、建設業の許認可は、合併や会社分割の場合においては当然には承継されないとされています。